Un savant éminent a été blessé au cerveau lors d'un attentat. Une opération chirurgicale s'avérant trop risquée, on décide d'utiliser un nouveau procédé scientifique pour miniaturiser un sous-marin avec un équipage de cinq personnes. Réduit à la dimension de microbes et injectés dans une veine, les passagers du submersible connaissent des aventures fantastiques avant de réussir leur mission qui est de détruire un caillot de sang et ce, malgré la présence à bord d'un saboteur.