Une jeune Japonaise et son oncle, ex-officier de la marine, échappent de justesse à un enlèvement. Ils apprennent que leurs assaillants sont des habitants d'un continent submergé, l'empire Mu, qui ont trouvé refuge au fond de la mer et s'apprêtent à livrer la guerre au Japon. Le père de la jeune femme, un capitaine de sous-marin porté disparu, vit dans une île éloignée où il a construit une espèce de submersible volant, l'Atragon. Rejoint par sa fille et des membres du gouvernement, le capitaine accepte de mettre son invention au service du Japon. Grâce à l'Atragon, l'empire Mu est bientôt anéanti.