Sur la petite île de Kyushu, au sud du Japon, Suzume Iwato, 17 ans, vit avec sa tante depuis la mort de sa mère dans le séisme de 2011. Un jour, elle croise un étrange jeune homme, Souta, qui dit être à la recherche d'une porte mystérieuse. Curieuse, elle le suit, et découvre, au milieu des ruines, un portail dont l'ouverture déchaîne des éléments surnaturels capables de provoquer des cataclysmes. Au même moment, d'autres portes s'ouvrent partout à travers le pays. Suzume et Souta - qu'un mauvais sort a transformé en chaise à trois pattes! - entreprennent alors d'aller refermer chacun de ces portails.