Pour déjouer une prophétie voulant que la naissance d'une fillette prédestinée menace son règne, la cruelle reine Bavmorda enferme toutes les femmes enceintes de son royaume. Sauvée de la mort par une sage-femme, l'enfant est confiée aux flots d'une rivière qui l'amène près d'un village de nains, les Nelwyns. L'un d'eux, Willow, devient son protecteur et est chargé par la reine des fées de conduire le bébé dans un château lointain. Aidé par le guerrier Madmartigan et par la sorcière Raziel, Willow arrive à son but, mais la fillette est enlevée par un officier de Bavmorda. Avec ses alliés, Willow donne l'assaut au château de la reine.