En 1865, un ballon transportant des évadés d'une prison sudiste tombe dans l'Océan Pacifique. Les rescapés s'installent sur une île apparemment déserte, mais une exploration leur révèle une région défendue par une force mystérieuse. Un bienfaiteur inconnu vient en aide aux naufragés et se révèle à eux à l'occasion d'une attaque par des pirates. Il s'agit d'un prince hindou éminemment versé dans les sciences qui, sous le nom de capitaine Némo, a parcouru les mers dans un bateau submersible, le Nautilus, dont l'île se trouve être le port d'attache. Blessé, il meurt dans son sous-marin avarié alors qu'un volcan détruit l'île, après avoir assuré la sécurité de ses hôtes.