Un troubadour, Nanki-Poo, s'éprend de Yum-Yum, la pupille de Ko-Ko, grand exécuteur du Mikado, au Japon. Celui-ci a décrété la peine de mort pour le crime de flirt. Nanki-Poo révèle à la jeune fille qu'il est le fils du Mikado et qu'il s'est enfui de la cour pour n'avoir pas à épouser l'affreuse Katisha. Ko-Ko désire épouser lui-même sa pupille mais il consent au mariage de Nanki-Poo et de Yum-Yum, après les avoir surpris en train de flirter, sachant que le jeune homme sera exécuté à brève échéance. Mais il n'a pas le coeur de remplir la sentence et se prête à un simulacre pour satisfaire l'empereur. Après avoir échappé de justesse à la mort pour avoir supposément tué l'héritier du trône, Ko-Ko devra accepter d'unir sa vie à celle de Katisha.