New York, 1971. Le photographe américain William Eugene Smith, connu pour ses collaborations au magazine Life, n’est plus que l’ombre de lui-même. Isolé et hanté par les atrocités qu’il a vues durant la Seconde Guerre mondiale, il sombre peu à peu dans l’alcoolisme. Jusqu’au jour où Aileen, une jeune traductrice japonaise, vient lui faire part de la tragédie humaine et écologique que vivent les habitants de la ville côtière de Minamata. Empoisonnées par le mercure déversé dans l’eau de leur région par l’usine chimique du géant Chisso, les victimes souffrent de la "maladie de Minamata", une attaque du système neurologique, provoquant entre autres des paralysies. Bien décidé à alerter le monde entier sur ce qui se passe à Minamata, Eugene s’immisce au coeur de cette communauté brisée. Bien vite, sa présence dérange. En particulier les dirigeants de Chisso.