Alors que les avions allemands font pleuvoir les bombes sur Londres, Peter, 12 ans, s'introduit dans le bureau de la sinistre directrice de son orphelinat. Il y trouve une lettre dans laquelle sa mère promet de revenir le chercher. Mais peu après, le garçon est enlevé par des pirates, puis transporté à bord d'un navire volant dans un pays imaginaire. Il a en fait été vendu au redoutable Barbe-Noire, qui exploite les orphelins pour extraire dans une mine des roches contenant de le poudre de fée, un sédiment assurant la jeunesse éternelle. Se découvrant le pouvoir de voler après avoir été poussé dans le vide par le cruel pirate, Peter s'évade sur un vaisseau aérien en compagnie de James Hook, un prisonnier parvenu à l'âge adulte. Atterrissant en catastrophe dans une vaste forêt, les fugitifs sont capturés par une tribu de guerriers méfiants. Mais quand la fille du chef, Tiger Lily, aperçoit au cou de Peter un pendentif à l'effigie d'une flûte de Pan, elle pressent qu'il s'agit de celui qui, selon la prophétie, les délivrera de l'emprise de Barbe-Noire.