Après la mort de ses parents, la jeune Mary Lennox va demeurer chez un oncle qu'elle ne connaît pas, dans un château de la campagne anglaise. Mary sent bien qu'on ne veut pas d'elle et, laissée pour compte, décide d'explorer le domaine. C'est ainsi que l'enfant découvre un jardin emmuré, ayant jadis appartenu à sa tante décédée en couches. Par hasard, Mary découvre aussi l'existence de son cousin Colin que l'on garde enfermé dans le château pour des raisons de santé, ce que la fillette ne comprend guère. Par sa présence et ses efforts, Mary redonne vie au jardin secret et incite Colin à l'explorer. C'est alors que le garçon apprend à marcher et renoue finalement avec son père qui n'attendait plus ce miracle.