Le petit Jimmy se trouve être le possesseur d'une flûte enchantée. La sorcière Witchiepoo cherche à s'en emparer pour augmenter son prestige auprès de ses consoeurs. Elle attire Jimmy sur l'île où se trouve son château. Mais d'autres habitants de l'île, sous la conduite de l'aimable dragon Pufnstuf, se font les protecteurs de l'enfant. Witchiepoo s'empare de Pufnstuf qu'elle veut faire rôtir pour le congrès des sorcières. Jimmy et ses nouveaux amis trouvent le moyen d'effrayer les sorcières et de rescaper le dragon.