Avec l'assentiment du gouvernement, la CIA a décidé d'effacer toute trace du programme spécial Outcome par crainte que l'agent en fuite Jason Bourne ne compromette son ancien employeur. En peu de temps, tous les cobayes super-soldats sont éliminés, à l'exception d'Aaron Cross qui, après avoir feint sa propre mort, entre en contact avec le docteur Martha Shearing, qui a travaillé sur ledit programme à son insu. Avec son aide, Cross souhaite rendre permanentes les transformations génétiques causées par sa prise quotidienne de médicaments qui décuplent ses facultés physiques et mentales. Pour y parvenir, le tandem s'envole vers les Philippines, où sont conservées les substances nécessaires à la fabrication des médicaments. Pendant ce temps, la CIA, qui ignore que Cross a survécu, tente de retracer Martha. (sortie en salle le 10 août 2012)