Quatre tortues géantes, dotées de la parole et spécialistes des arts martiaux, vivent dans les égouts avec leur maître à penser, le rat Splinter. Un jour, ils reçoivent la visite de leur amie April qui s'est procuré un étrange sceptre japonais. En examinant l'objet de plus près, la jeune femme est projetée dans le Japon de XVIIe siècle. Les tortues voyagent à leur tour dans le passé afin de secourir leur amie. Elles se retrouvent alors dans une région où une bataille fait rage entre les guerriers d'un seigneur cruel et des paysans rebelles. Les quatre reptiles récupèrent April et décident de prêter main-forte aux villageois persécutés par leur seigneur et par un commerçant anglais qui convoite le sceptre.