Journaliste à la télévision, April O'Neill a découvert quatre tortues géantes dotées de la parole vivant dans les égouts avec leur mentor, Splinter, un rat d'origine japonaise, et luttant contre le crime. Pour le moment, les tortues, chassées de leur abri, habitent dans l'appartement d'April. Un reportage de la jeune femme donne à Splinter l'occasion de découvrir l'origine du liquide radioactif qui a contribué à la transformation de ses protégés. Mais un criminel qu'on croyait avoir éliminé s'empare de la solution et s'en sert pour créer des monstres qu'il veut opposer aux tortues. Un affrontement turbulent a lieu dans le cadre d'une discothèque et se termine à l'avantage des chéloniens.