Sous le nom d'emprunt de Sébastien Théus, Zénon Ligre rentre dans sa ville natale, Bruges, en 1568, après une vie d'errance. Il accompagne le prieur du couvent des Cordeliers, son ami et protecteur, qui souffre d'une dure maladie. Ligre, médecin, philosophe et alchimiste, est recherché par l'Inquisition parce qu'il est l'auteur d'ouvrages condamnés. Il s'attarde pourtant à Bruges où il retrouve les traces de son enfance. Il prend bientôt en charge, dans le monastère des Cordeliers, un dispensaire ouvert à tous. Témoin de certains dérèglements chez les moines, il finit par être dénoncé et subit un procès pour ses idées controversées.