Au début de la Première Guerre mondiale, les troupes allemandes envahissent un village du Congo et en chassent les habitants. Le pasteur protestant meurt sous le choc, laissant seule sa soeur Rosie. Elle sera recueillie sur un petit rafiot, l'African Queen, par l'aventurier Allnut. À leurs risques et périls, ils descendent le fleuve pour faire sauter une canonnière allemande. Après avoir échappé à la pendaison, Rosie et Allnut s'aperçoivent qu'ils ne peuvent plus se passer l'un de l'autre.