New York, 1927. Profitant de son transfert vers son Angleterre natale, Gellard Grindelwald parvient à s'évader, avec la complicité d'un geôlier renégat, séduit par son ambitieux projet. Le puissant sorcier au sang pur cherche en effet à former une armée de partisans, grâce à laquelle il entend régner à la fois sur les mondes magique et réel. Une idée qui avait du reste séduit le professeur Dumbledore à l'époque où il côtoyait Grindelwald, avant que ce dernier ne verse dans la magie noire. Étant dans l'impossibilité d'affronter lui-même le dangereux conspirateur, Dumbledore charge son ancien élève Newt Scamander d'aller le neutraliser à Paris, où se terre l'orphelin Credence Barebone. Conscient que ce garçon tourmenté, désespérément en quête de ses origines, constitue la clé de voûte du plan hégémonique du mage noir, Newt s'efforce de le retrouver le premier. Dans la Ville-Lumière, le timide dresseur d'animaux fantastiques renoue avec la policière Tina, qui le croit à tort fiancé à son amour de jeunesse Lita Lestrange. Or, cette jeune femme au lourd passé est en réalité promise au policier Theseus, le frère de Newt.