L'action se passe au Mexique, en 1900. Don Nazarin, prêtre humble et fervent, habite une maison délabrée dans le quartier le plus misérable de la ville. Il vit d'aumônes. Un jour, il héberge une prostituée, Andara, blessée à la suite d'un meurtre qu'elle a commis. Nazarin la soigne et essaie d'ouvrir son âme à Dieu. Cet acte de charité lui vaut d'être calomnié puis d'encourir le reproche de ses supérieurs. Il devient alors un pèlerin mendiant. La prostituée qu'il a soignée et une épileptique qui a été naguère sa pénitente s'attachent à ses pas. Il sera enfin arrêté comme complice d'Andara et continuera, enchaîné, son douloureux calvaire.